Narodil sa v Čechách v Nepomuku okolo polovice 14. storočia.
Bol verejným notárom a sudcom pražského arcibiskupa a od roku 1389 jeho generálnym vikárom. Statočne bránil práva Cirkvi proti kráľovi Václavovi IV. Na kráľov príkaz a za jeho prítomnosti Jána mučili a dňa 20. marca 1393 vo večerných hodinách ho hodili do rieky Vltavy.
Už v nasledujúcich desaťročiach vládlo presvedčenie, že hlavným dôvodom jeho zavraždenia bolo spovedné tajomstvo, ktoré Ján dôsledne chránil pred neústupčivou kráľovou žiadosťou.
Jeho telo je uložené v pražskom metropolitnom chráme a je vo veľkej úcte.
O mučení a smrti Jána z Pomuku od arcibiskupa Jána z Jenštejna
Na nasledujúci deň mi určili termín, keď sa malo prostredníctvom kráľovskej rady rokovať o urovnaní a zmierení s kráľom, moravským markgrófom a kráľovským komorníkom. S mojimi radcami ma predviedli pred kráľa na uzavretie konečného mieru. Ako som tam bol so svojimi vikármi a s inými, kráľ zrušil dohodu, ktorej uzavretie zveril svojej rade, a povedal, že s onou pokonávkou a zmierením nie je spokojný. A vravel toto: „Ty, arcibiskup, vylučuješ z Cirkvi mojich úradníkov bez môjho vedomia a potvrdil si kladrubského opáta!“ A mnoho iných vyhrážok povedal majstrovi mojej kúrie: „Odstúp odo mňa, lebo ti zaraz dám zraziť hlavu!“ Potom sa pozrel na tých, čo ma sprevádzali, a povedal: „Týchto štyroch zatknite“ – totiž môjho oficiála Mikuláša Puchníka, doktora cirkevného práva môjho vikára Jána, míšenského prepošta môjho kanonika Václava a mňa – „a obozretne odveďte!“ A iným pohrozil: „Teba a teba utopím!“ Keď som pred ním niekoľko ráz pokľakol, usilujúc sa zmierniť jeho hnev, aj on posmešne kľakol predo mňa na obe kolená.
A keď bol v kapitule, hneď udrel rukoväťou svojho meča po hlave doktora práv dekana môjho pražského kostola Bohuslava, už vetchého starca, tak silno, že mu vytryskol prúd krvi, a s rukami zviazanými za chrbtom rozkázal ho odviesť do domu pražského kastelána.
Navečer ich dal – zviazaných na rukách i nohách – pred očami všetkých svojmu katovi mučiť a on sám priložil ruku i fakľu k bokom vikára a oficiála i na iné miesta. A kázal ich utopiť. A boli by už bývali všetci utopení, keby neboli – ako vravia ľudia – v prítomnosti verejného notára sľúbili a odprisahali, že nikdy nepovedia, že boli zajatí alebo mučení; a ako som sa dozvedel, chcel tiež, aby mu prisahali, že sa postavia proti mne, biskupovi. Oni však, celí prestrašení, radšej žiadali vyhotovenie verejnej listiny, ako by sa mali dať utopiť, a – ako hovoria ľudia – potvrdili ju svojimi prísahami. Potom ich prepustili.
Iba ctihodného Jána, doktora a môjho vikára, po strašnom mučení a prepálení boku, takže už ani nemohol zostať nažive, viedli verejne ulicami a námestiami mesta utopiť. Asi o tretej hodine v noci ho z pražského mosta so zviazanými rukami a s hlavou priviazanou k nohám v podobe kolesa hodili do rieky a utopili.
Modlime sa.
Milosrdný Bože, ty si vyvolil kňaza a mučeníka Jána za obrancu práv Cirkvi a za strážcu spovedného tajomstva; prosíme ťa, pomáhaj nám, aby sme si vzali príklad z jeho statočnosti a verne konali službu, do ktorej si nás povolal. Skrze nášho Pána Ježiša Krista, tvojho Syna, ktorý je Boh a s tebou žije a kraľuje v jednote s Duchom Svätým po všetky veky vekov.